強化查辦腐敗案件以上級紀委領導為主，是提高紀委查辦案件獨立性，破解同級監督難題的關鍵所在。當前，相關改革正在積極推進，但一些瓶頸問題長期存在，需要在改革中著力解決。
一是案件線索“上不來下不去”。為了排除下級紀委辦案遇到的阻力和干擾，防止重要線索流失，不少紀委實行了案件線索“下管一級”。但是，一些下級紀委擔心家丑外揚或線索“失控”，一旦查實影響本地區或單位形象，不愿把線索上報，線索“上不來”的問題一定程度存在。此外，上級紀委對收到的部分案件線索，會轉交下級紀委查辦，但一些下級紀委出于種種考慮，不愿接“燙手山芋”，以各種理由推脫，線索“下不去”的問題也一定程度存在。
二是獨立初核權“名不副實”。按照有關規定，紀律檢查機關對違紀線索是否初核具有獨立決定權，只有部分重要案件立案時才需要征求同級黨委意見，但現實情況是，一些紀委不愿“當家作主”，收到違紀線索即向黨委或有關主要領導報告，是否初核也要征求意見，喪失了獨立初核權。即使上級紀委對此作出明確指示，下級紀委懾于人財物的屬地管理，寧愿“獨善其身”，也不肯履職盡責。
三是下級紀委易受“夾板氣”。查辦案件工作是一項復雜的系統工程，下級紀委在遇到問題時，如果和上級紀委、同級黨委之間缺少暢通的溝通渠道，就容易成為左右為難的“小媳婦”，受“夾板氣”也就在所難免。實踐中，有的簡單以一方意見否定另一方意見，把辦案做成“夾生飯”；有的在中間“打太極”，對查辦案件形成“掣肘”；還有的“一籌莫展”，辦案工作停滯不前。
四是界限不清導致“交叉”和“空白”地帶。一些政府機關、企事業單位實行“雙重管理”、“垂直管理”體制，行政管理權限在本單位或系統，但黨組織關系為屬地管理，“黨政分管”衍生出黨員干部違紀問題誰來管、誰牽頭、如何管的問題。另外，紀檢機關監督范圍“點與線、線與面”的關系比較復雜，管機關還是管系統、管業務還是管全面的問題經常不明確，如機關工委與各機關、黨委政法委與政法機關、黨委宣傳部與宣傳系統單位、各級司法機關的紀檢部門之間是否屬于領導關系不明確。有的還存在多重領導問題，導致上級紀委領導下級辦案或者名不正言不順，或者剪不斷理還亂。
五是上級紀委領導辦案“心有余而力不足”。各級紀委不僅要辦理本級管轄干部案件，還要監督檢查下級紀委有關工作，指導案件查辦，任務繁重，難免顧此失彼。此外，實踐中還存在工作方法不當的問題，如有的上級紀委“包辦”代替，指導變直辦，沒有發揮下級紀委的工作積極性；有的“蜻蜓點水”，指導變指點，不能有效解決實際問題。
上述問題的存在，既源于認識方面的不足，也源于體制方面的漏洞。筆者在此提幾點具體的工作建議，以期對解決問題有所裨益。
一要建立既能“上得來”，又能“管得住”的線索管理機制。應緊緊依托中央紀委報送案件線索平臺，進一步在細節方面下功夫。一方面，要科學設計報送軟件，對問題線索“即收即錄、實時報送”，并保證線索錄入系統后不可更改，減少人為操作。另一方面，要加強管理監督，對上報的重要案件線索可改備案監管為事前決策，做到管理關口前移；不定期對線索工作開展檢查，對存在的問題要及時提醒、督促整改，對故意瞞案不報、壓案不查的，要追究有關人員責任，保障責任落地。
二要把獨立初核作為落實“兩個責任”的重要抓手。初核是查辦案件的前沿陣地，黨委是否支持、紀委能否獨立進行，直接檢驗黨風廉政建設主體責任和監督責任的落實。對黨委而言，既要堅決支持紀委對違紀線索開展初核調查，也要對紀委不初核就請示的做法“說不”。對紀委而言，既要將初核工作“做大、做強”，使之成為查辦案件牢不可破的基座，也要勇于擔當，敢于對黨委不當干預“說不”。上級紀委可以通過初核率、成案率來考核督促下級紀委做好初核工作。
三要轉變思想認識，變雙重壓力為動力。下級紀委應清醒地認識到，上級紀委的壓力未必是強制，同級黨委的壓力未必是阻力。同時，還要學會“兩條腿走路”，即“堅持原則＋善用智慧”。堅持原則就是要守住底線，唯此才可以運用政策、把握節奏、妥善處理等。善用智慧既包括善用政治智慧，也包括善用辦案智慧。總之，下級紀委應多發揮自身主觀能動性，少找客觀原因，轉壓力為動力，使查辦案件工作有序平穩進行。
四要強化屬地管理，逐步厘清領導體制中的“點線面”。為了強化查辦案件以上級紀委領導為主，結合紀檢監察體制現狀、力量分布、專業化程度，“黨政分管”的情況應以屬地管理為主，即以中央紀委及各省區市紀委作為領導辦案工作的主體，牽頭抓總，以黨紀案件查辦帶動政紀案件處理。對管系統的單位，如國資委、教工委、宣傳部等，應明確其紀檢部門對各自系統辦案工作的領導，以點帶面；對司法機關、各委辦局機關，應以上級紀委領導為主，而機關紀工委、政法委紀檢部門等可以作為協調部門發揮應有作用。
五要明確分工、合理布局，努力實現上級紀委領導下級紀委辦案效率的最大化。上級紀委對自辦案件與領導下級辦案應兩手抓、兩手都要硬，做到整體推進與局部突破相結合。一要做到督辦與工作督導相結合，加強重要案件線索管理，幫助下級做好分析排查，確定查辦案件重點，并通過工作例會、約談等方式督導下級紀委辦案。二要做到督辦與個案指導相結合，針對下級紀委查辦有難度、有阻力的案件，可采取聽匯報、派員參辦等方式，幫助其突破案件