黨的十四大后，在建立社會主義市場經濟體制的新的實踐中，我國反腐敗機構得到進一步強化，黨風廉政建設和反腐敗的戰略地位、工作格局進一步明確，法制化、制度化的程度進一步提高，初步建立起與社會主義市場經濟規則相適應的領導干部廉潔從政行為規范。1993年，中央紀委、監察部合署辦公，實行一套工作機構，履行黨的紀律檢查和行政監察兩項職能。這是黨中央為反對腐敗，加強黨風廉政建設形成合力而采取的重大措施；在新中國反腐倡廉史上具有里程碑意義。
黨的十六大以來，黨內外反腐制度日漸完善，初步建設起一個從源頭防腐到查辦重大案件的宏大反腐格局。2003年，《中國共產黨黨內監督條例（試行）》制定出臺。該《條例》是中國共產黨建黨82周年、執政54年來制定的第一部黨內監督條例。同時出臺的《中國共產黨紀律處分條例》則對黨員的知情權、參與權、選擇權、監督權和對黨員權利的保障措施等各項權利做了更加規范、完善的規定。
2004年4月，中共中央正式決定：中央紀委、監察部將全面實行對派駐機構的統一管理，將派駐機構由中央紀委、監察部和駐在部門雙重領導改為由中央紀委、監察部直接領導。2007年9月，中國國家級預防腐敗的專門機構——國家預防腐敗局正式成立。2007年，黨的十七大正式把巡視制度載入黨章。
根據黨中央精神，1993年上半年，云南省各級行政監察機關與黨的各級紀檢機關開始合署辦公。合署后的機構設置為：辦公廳、干部室、宣傳教育室、監察綜合室、政策法規研究室、信訪室、執法監察室、案件審理室、紀檢監察一室、紀檢監察二室、紀檢監察三室、紀檢監察四室、黨風廉政建設室（省政府糾風辦）。
合署辦公后實行同一個機構履行黨的紀檢和行政監察兩種職能，在省紀委、監察廳內增設“綜合監察室”，以便向省政府報告和反映監察工作狀況，但繼續實行由所在地政府和上級監察機關領導的雙重領導體制。合署辦公加強了黨的紀檢工作，強化了行政監察職能，這在一定程度上有利于整合有限資源、形成監察合力，增加監督力度、提高工作效率；有利于強化黨的紀檢和政府行政監察職能；也有利于國務院和各級政府繼續加強對行政監察工作的指導，反腐倡廉走進了全新的時代。從1993年至2011年，云南各級紀檢、監察部門，先后制定并實施了以下制度：
一、“法治政府”四項制度：《云南省省屬企業國有資產處置審批制度》《云南省重大資源開發利用項目審批制度》《云南省重大投資項目審批和核準制度》《云南省省級財政追加預算支出審批制度》；
二、“責任政府”四項制度：《行政問責制》《首問責任制》《服務承諾制》《限時辦結制》；
三、“陽光政府”四項制度：《重大決策聽證制度》《重要事項公示制度》《重點工作通報制度》《政務信息查詢制度》；
四、“效能政府”四項制度：《行政績效管理制度》《行政成本控制制度》《行政行為監督制度》《行政能力提升制度》。
云南省第九次黨代會以來，省紀委、監察廳整合監察、審計、稽查、督查等力量，對全省加快水利改革發展、保障性住房建設、耕地保護、規范節約用地、環境保護和污染減排等政策落實情況開展專項檢查；加強對中央和云南省關于加強和改善宏
觀調控、做好“三農”工作、經濟結構調整、應對金融危機、市場價格調控、房地產調控、保障和改善民生、安全生產、優化產業發展等重大決策部署政策執行情況的監督檢查，及時糾正和查處了一批違規違紀問題。
——緊緊圍繞擴大內需促進經濟增長政策措施的落實，及時提出“抓機遇、化危機，抓支出、促增收，抓投資、促消費，抓監督、促落實”的工作要求，配合中央檢查組完成了5輪檢查，抽查項目4773個，整改問題997個。嚴肅查處少數單位擠占挪用
項目資金等行為，確保了中央“三個百分之百”要求的落實。
——加強對抗災救災、救災資金物資管理使用和災后恢復重建的監督檢查，查處和糾正違規違紀問題62起，涉及資金231.92萬元。組織協調有關地方和部門抓好楚雄州姚安縣“7·09”地震恢復重建統建房質量問題整改工作，維護和保障了災區群眾
利益。
——強化對昆明新機場等重點工程建設的監督檢查，促進了政府重大投資項目廉潔、高效實施。加強對中央第五次西藏工作座談會精神、維護民族團結和社會穩定決策部署貫徹落實情況的監督檢查，嚴格執行黨的政治紀律和民族宗教政策，維護了全
省民族團結、宗教和睦、邊疆安寧、社會穩定的良好局面。
云南省加快轉變經濟發展方式監督檢查工作進展順利。圍繞政策落實、資金管理和項目實施三個關鍵環節，突出“十二五”規劃實施、管理通脹預期、加快水利改革發展、保障性安居工程建設、產業振興和科技計劃項目實施、節能減排和環境保護、耕地保護和節約用地七個方面的重點，共開展監督檢查5000余次，發現問題3355個，糾正問題2556個，提出監察建議和工作建議1568項。
云南加快建設面向西南開放重要橋頭堡，是黨中央、國務院審時度勢做出的重大戰略部署，是云南發展最大、最好的歷史性機遇。緊緊抓住機遇，做足、做好、做實、做深、做透橋頭堡建設這篇文章，推動全省經濟社會又好又快發展，是云南省紀
檢監察機關強化大局意識、圍繞中心服務大局的具體行動。
云南省積極向中央紀委監察部匯報和爭取支持橋頭堡建設的意見；圍繞橋頭堡建設涉及的重點領域、重點部門、重點項目，認真研究和落實監督檢查措施，著力預防和堅決懲治頂風違紀行為，督促各地各部門在嚴格依法依規辦事的同時，充分運用中央給予的政策支持和環境條件，用好用足各項政策，提高建設質量和效率，促進橋頭堡建設順利實施。
2012年，為把橋頭堡建設重大政策措施落實情況作為監督檢查的首要任務，由省紀委、省監察廳領導班子成員帶隊，組成16個檢查組，分兩個階段對全省橋頭堡建設政策措施落實情況做監督檢查。在監督檢查過程中，各檢查組認真檢查了各地各部門在橋頭堡建設發展思路、重大舉措、部署工作、制定規劃、明確政策導向等方面是否全面貫徹落實了省第九次黨代會各項決策部署，重點監督檢查重大項目實施進展情況和解決群眾反映強烈問題的情況。檢查組既嚴格監督，務求實效，督促各地各部門抓緊重大項目的實施進度，同時又堅持以改革創新的精神開展監督檢查工作，進一步推動反腐倡廉制度和實踐創新，努力形成崇尚創新精神、支持創新實踐、獎勵創新成果、寬容創新失誤的政策導向。