駐省教育廳紀檢組著力健全對中央、省委重大決策部署執行情況定期檢查和專項督查制度、紀律保障機制，堅持問題導向，瞄準高校自主招生、工程建設、合作辦學等重點領域中的權力尋租問題，以及開展“兩學一做”學習教育、整治“為官不為”“亂作為”、整治“四風”回頭看、高校授課紀律等重點工作任務，深入開展專項紀律檢查，確保黨的路線方針政策和省委決策部署得到貫徹落實。
盯意識形態，開展黨章黨規進課堂學習教育活動專項紀律檢查。結合“兩學一做”學習教育，深入8所高校，開展黨管意識形態工作專項紀律檢查。檢查領導干部聽課、評課制度，了解思想政治理論課教育教學情況，牢牢把握意識形態工作的領導權、主導權。檢查教材編制、出版審核關，審核檢查校報期刊、雜志簡報、校園網站等媒介，及時發現教學科研、講座論壇、輿論宣傳等方面苗頭傾向性問題，教育引導干部師生增強政治敏感性和政治鑒別力，自覺抵制錯誤言論，嚴明政治紀律，維護政治安全。
盯巡視整改，開展高校巡視整改專項紀律檢查。對2016年省委巡視組巡視的11所高校開展督查，及時指出整改工作存在的問題，指導督促高校落實巡視整改任務和要求。同時，針對巡視發現的突出問題，集中3個月的時間，開展高校選人用人、津補貼發放、招標投標專項整治。據統計，在專項整治中，省教育廳直屬25所高校共發現問題158個，已完成整改134個，發現違紀線索7條，初核違紀線索7件，問責8人，糾正違規資金624.13萬元。
盯難點任務，開展“全面改薄”工作專項紀律檢查。為確保中央全面改善貧困地區義務教育薄弱學校基本辦學條件目標任務的完成，重點檢查了2016年3月教育廳約談的昭通市、大理州、普洱市、紅河州4個進度落后州市，先后赴13個縣（市、區）、51所學校，通過實地查看、聽取匯報、查閱資料、訪談了解，發現工作不足并提出要求。同時，下發責令整改通知書和《關于對全面改薄工作專項紀律檢查的情況通報》，明確不能完成目標任務的將再次約談直至進行問責處理，有效推進項目實施進度。
盯重點工作，開展脫貧攻堅、精準扶貧工作專項紀律檢查。為確保《云南省加強教育精準扶貧行動計劃任務分解方案》的貫徹落實，組成2個檢查組，通過聽取匯報、查閱工作臺賬和座談等方式，檢查了8所高校和省教育廳結對的瀘水縣上江鎮大練地村、新建村精準扶貧工作情況，召開檢查情況現場反饋會，指出存在的問題并下達《扶貧工作的責令整改通知書》，督促按期完成整改任務。
盯重點領域，開展委廳直屬單位財務管理專項紀律檢查。為進一步規范委廳直屬事業單位財務管理制度，加強對財經紀律執行情況的監督，促進源頭治腐和領導干部廉潔自律，組成4個組，對省招生考試院等12個廳直屬單位，通過查閱賬目、原始票據等方式，發現違反“三重一大”議事決策制度、物資采購不規范等6個方面的9個問題，責成相關單位進行整改。
盯熱點問題，開展普通高校招生考試專項紀律檢查。為確保普通高校招生考試陽光運行，配合省招生考試院組成工作組，深入8所院校，通過招生簡章的審核、回避制度的落實、招考信息的公開等措施開展招生錄取專項檢查。聯合省招生考試院，省教育廳發展規劃處等職能處室，對11所學校涉嫌違規行為進行集體約談，要求各學校嚴格執行招生工作政策和紀律，對違規招生行為立即進行糾錯整改；要求省教育廳相關職能部門切實履行招生考試、招生計劃、辦學審核、教學管理的主體責任，不斷完善監管措施，共同營造良好有序的招生環境。