在古人的心目中，祭祀孔子的孔廟是極神圣的地方。同安孔廟是廈門地區唯一的孔廟，它的右側有兩座祠堂，一座是北宋著名科學家蘇頌祠，另一座是明代理學名宦林希元祠。
明成化十七年（1481年），林希元出生于同安縣（今翔安區新店鎮垵山社區山頭村），少時名巒，字茂貞，號次崖。林希元少時家貧，讀書較晚，但從小胸有青云之志。他35歲（正德十一年，1516年）方中舉人，越年中進士，授南京大理寺評事，不久被擢升為大理寺丞。
明朝大理寺和刑部的職責有相似之處，都是審理案件的機構，不同的是，重大案件包括皇親國戚高官顯貴的案件歸大理寺審理。林希元為官公正，執法如山，有“鐵漢”之稱。御史譚魯犯案，林希元予以追究，譚魯先是央求林希元同鄉史梧到林家說情，被駁回后，又找到了大理寺卿陳琳，陳琳竟答應了。陳琳是林希元的頂頭上司，對其恩威兼施，然而林希元不為所動，堅持原則，仍不允。陳琳惱羞成怒，以“抗拒堂官”之名彈劾林希元，林希元竟因此被貶為泗州判官。被貶的滋味不好受，他的詩《聞謫判泗州》云：“本以疏狂為國憂，翻從遷謫赴南州。萬鐘于我知無益，三尺如人豈不羞？”心情不好，但上任后仍兢兢業業。
當時，江北饑荒，“嘯聚至九百余人”，他主持賑災，悉心賑濟，獨身往諭，解散嘯聚之眾，同時還撰寫了《荒政叢言》，細陳救荒之二難、六急、三權、六禁、三戒，條分縷析，有理有據，所列的政策、措施、方法可操作性強，是我國古代救荒史重要文獻。
嘉靖九年（1530年），林希元官復原職，再任南京大理寺丞，后因與權臣夏言意見相左，被貶為欽州知州。
欽州位于今廣西南部，其時地廣人稀，十分荒蕪。據地方志載，林希元“始入州境，陸行三日，始抵州城，見平原曠野，一目望洋，高可種黍，下可種稻，皆為荒土，成田者，十僅一二”。因此上任伊始，他首勸農功，實行屯田。屯田有漢代的方法，也有東晉的方法，還有唐朝的方法，林希元學貫古今，又不拘一格，他根據實際情況分別采用不同的屯田方法。他委派有經驗的老農負責其事，勸農老人正職為田正，副職為田副，每鄉正副各一，專管教民耕織，課督農事。他改變欽州單種水稻習俗，推廣多種農作物，由此府可實倉廩之粟，民可解凍餒之苦。
林希元在欽州還創建社學。他認為“昔先王治天下，為之農桑、衣食以養其民，又設庠序、學校以教之。蓋飽食、暖衣、逸居，無教則近于禽獸。”他創建十八社學，每學撥公田二十畝作為辦學經費，并“作規條，選名師，俾司教訓以興民于孝悌，頒學政經說于諸生，黜浮華、崇本實，以進士于道德”，當地民風為之一變。在《欽州十八社學記》一文中，林希元不無欣喜地寫道：“三月而后，教讀各以弟子見，其父兄不遠三四百里，襁負其子而至州。其衣裳、步履楚如也；其進退、周旋、升降、揖遜，肅如也；其諷誦、對偶、書仿，朗如也。”他還修復儒學一所，在東城城隍廟舊址改建學舍二十間，捐俸金十兩助公費，編纂《欽州志》，為后世存史。
都說“為官一任，造福一方”，林希元不但造福一方，有時還“多管閑事”。他任大理寺丞時，有一年春天回鄉，到大嶝島探望舅舅。船到大嶝碼頭，前來迎他的都是些年輕人。舅舅說，島上人深受臺風、風沙、大水之害，壽命都很短，能活到30歲便是鄉里“老人”了。林希元當夜難眠，翌日，天剛露魚肚白，他便到海邊察看，發現岸邊草木不生，海風長驅直入。眺望西北縣城同安，發現九條溪水如白蛇直涌大嶝。他告訴鄉民，這是“蛇害”，必須用“蜈蚣”治。“蜈蚣”何來？種黃連木。于是，鄉民們踴躍到海邊種黃連木。林希元自己也不閑著，帶頭栽種。黃連木抗風性強，成片的黃連木成了防風林帶。風沙少了，老百姓少受些苦。至今，在大嶝島田墘西北角海邊，古防風林帶猶存。那是林希元心中有民，為民造福的豐碑。
林希元為官，以廉著稱。
在泗州任判官時，林希元積勞成疾，歸籍養病，竟無房可居，只得寄居在丈母娘家，“延賓無所，當道之見過者相接無常處，咸訝焉”。后因族親爭奪林家埭田反目，林希元只好在家鄉獅山清水巖邊建一斗室，自名“艮齋”，并自撰對聯云：“斗室只容妻與我，寸心不愧天地人”，橫批為“師承程朱”。
此時，他本想自建居所，卻因囊中羞澀而一籌莫展。別人想替他通關節，他馬上拒絕：“平生不以私干官府，故至于此。今雖失職，豈可改節？”林希元素來公私分明，豈能因為自己養病鄉中、無錢建房，而改變自己一貫清廉的志節呢。后來，經過一番周折，他買到天興寺荒廢后的一塊地，這是他中舉之前辦私塾的舊址。不過，買到了地，房子興建仍遙遙無期，用他自己的話說：“得地之初，欲營居室而歸囊方罄，無所藉手。”
我們且看他是如何籌款的：郡守聘他作《家譜》，得銀二十兩；諸姻家曾汝修、邵宜榮等五人各助銀十兩；諸鄉紳捐囊借助五兩、十兩、二十兩不等；幫助永春編纂邑志，得銀二百兩；向長泰王氏借銀三十兩。他所籌到的款項，不過能“草創”而已，“門庭、渠路、井灶之類，尚未及也”。林希元自建居所，前后歷二十余年，尚有一百余兩缺口。由于工期拖得太長，以前建好的要繼續維護修繕，而債主亦責怪其舊債未還。林希元在《鳳山得地記》里這樣寫道：“嗟乎！予登第三十一年，居官二十一年，一第之營至二十三年而未就。東涂西抹、左支右吾，而予之心亦良苦，其力亦勞矣。恐后世子孫不知予得地之巧，成室之難。故備其本末記之，以示后人，使知克勤克儉，固守而多勿失焉。”
嘉靖二十年（1541年）冬，林希元罷官歸鄉。從其詩作中，我們分明能看到林希元返鄉后清苦拮據的生活——
確守官箴也分然，獨憐無計庇吾先。
百年香火頹垣下，轉使人將不孝傳。
年年買谷度余生，虛忝鄉邦薄宦名。
要做人間好男子，寧辭家計晚凋零。
功名三十六經霜，饑飽惟隨歲歉豐。
在野三農終失望，闔門百口已凄惶。
富家喜糶十年粟，寒舍計虧八月糧。
似此謀生真絕倒，旁人休說短和長。
林希元清廉，是因為胸中有桿秤，常懷羞恥之心。有羞恥之心，是為人的首要。孟子曰：“人不可以無恥”，還說：“羞惡之心，義之端也”，荀子也說：“人不知羞恥，乃不能成人！”
我國現存的古代衙署，如內鄉縣衙、霍州署衙、密縣縣衙和平遙縣衙，其儀門內壁上皆有這樣一句官箴——“吏不畏吾嚴而畏吾廉，民不服吾能而服吾公。公則民不敢慢，廉則吏不能欺。公生明，廉生威”。在古代，林希元可謂是踐履這箴言的一位典范。
林希元61歲回同安后，專心“立言”，著書立說，廢寢忘食，手不釋卷，直到85歲辭世。他著述頗豐，除《新政八要》《荒政叢言》《王政附言》等外，還有《易經存疑》《四書存疑》等理學著作。他呈獻“兩疑”于朝廷，禮部刊印發行，四海學者奉為圭臬。同朝蔡獻臣作序的《林次崖先生文集》共十八卷，流傳至今。嘉靖四十五年（1567年），林希元辭世。蔡獻臣評價他“學而大儒，入而名卿，出而良吏，歿而言立”。清代人雷鋐說：“吾閩恪守程朱……今得次崖文集讀之，益知其用力格致之功，真所謂眾物之表里精粗無不到者也。”
文章開頭提到的林希元祠，始建于明萬歷四十二年（1614年），有記載的重修有兩次，分別是清嘉慶十八年（1816年）和民國十五年（1926年），小修多次。其原始狀態保存較好，保留原有不大的格局和許多明清建筑構件：硬山頂洗盡鉛華，不事雕飾，猶如林希元清廉儉樸的一生，而翹起的燕尾脊，又似顯示林希元的凌空之志。林希元是海內外宗親崇敬的先賢，林氏后裔目前是臺灣第二大姓，2001年林希元祠被廈門市人民政府公布為第一批涉臺文物古跡。（陳志銘）