習近平對在港兩院院士來信作出重要指示強調
促進香港同內地加強科技合作
支持香港為建設科技強國貢獻力量
有關部門迅速做好貫徹落實工作
有序推進內地與香港科技合作
2017年6月，24名在港中國科學院院士、中國工程院院士給中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席習近平寫信，表達了報效祖國的迫切愿望和發展創新科技的巨大熱情。習近平對此高度重視，作出重要指示并迅速部署相關工作。他強調，促進香港同內地加強科技合作，支持香港成為國際創新科技中心，支持香港科技界為建設科技強國、為實現中華民族偉大復興貢獻力量。
習近平指出，香港擁有較雄厚的科技基礎，擁有眾多愛國愛港的高素質科技人才，這是我國實施創新驅動發展戰略、建設創新型國家的一支重要力量。長期以來，香港科技界為香港和國家發展作出了重要貢獻。
習近平強調，促進香港同內地加強科技合作，支持香港成為國際創新科技中心，發揮內地和香港各自的科技優勢，為香港和內地經濟發展、民生改善作出貢獻，是在香港實行“一國兩制”的題中應有之義。要重視香港院士來信反映的問題，抓緊研究制定具體政策，合理予以解決，以支持香港科技界為我們建設科技強國、為實現中華民族偉大復興貢獻力量。
根據習近平總書記重要指示精神，科技部、財政部高度重視、多次召開專門會議，將香港科技創新力量作為國家創新體系和創新實力的重要組成部分，從國家整體科研布局和支撐香港自身發展兩個層面，研究加強內地與香港科技合作的相關舉措，并會同中央政府駐港聯絡辦充分聽取香港特區政府和科技界的意見建議，先行試點，特事特辦，堅決迅速做好貫徹落實工作。
目前，在港兩院院士來信反映的國家科研項目經費過境香港使用、科研儀器設備入境關稅優惠等問題已基本解決。國家重點研發計劃已對香港16個國家重點實驗室港澳伙伴實驗室直接給予支持，并在試點基礎上，對國家科技計劃直接資助港澳科研活動作出總體制度安排。香港在內地設立的科研機構均已享受到支持科技創新的進口稅收政策，澳門2個國家重點實驗室港澳伙伴實驗室也得到了國家科技計劃直接支持，香港、澳門科技界反響熱烈。下一步，國家有關部門還將系統落實習近平總書記重要指示精神，支持愛國愛港科研人員深入參與國家科技計劃，有序擴大和深化內地與香港科技合作。