正在國外訪問的中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席習近平對吉林長春長生生物疫苗案件作出重要指示指出，長春長生生物科技有限責任公司違法違規生產疫苗行為，性質惡劣，令人觸目驚心。有關地方和部門要高度重視，立即調查事實真相，一查到底，嚴肅問責，依法從嚴處理。要及時公布調查進展，切實回應群眾關切。習近平強調，確保藥品安全是各級黨委和政府義不容辭之責，要始終把人民群眾的身體健康放在首位，以猛藥去疴、刮骨療毒的決心，完善我國疫苗管理體制，堅決守住安全底線，全力保障群眾切身利益和社會安全穩定大局。
中共中央政治局常委、國務院總理李克強作出批示要求，國務院立刻派出調查組，對所有疫苗生產、銷售等全流程全鏈條進行徹查，盡快查清事實真相，不論涉及到哪些企業、哪些人都堅決嚴懲不貸、絕不姑息。對一切危害人民生命安全的違法犯罪行為堅決重拳打擊，對不法分子堅決依法嚴懲，對監管失職瀆職行為堅決嚴厲問責。盡早還人民群眾一個安全、放心、可信任的生活環境。
根據習近平指示和李克強要求，國務院建立專門工作機制，并派出調查組進駐長春長生生物科技有限責任公司進行立案調查。調查組將抓緊完成案件查辦、責任追查、風險隱患排查等工作。吉林省成立省市兩級案件查處領導小組，配合國務院調查組做好相關工作，并結合此案件全面排查高風險藥品企業。吉林省食品藥品監督管理局已收回長春長生狂犬病疫苗藥品GMP證書，停止該企業狂犬病疫苗生產及銷售，暫停該企業所有產品批簽發。