不畏強權 整飭吏治
光緒五年(公元1879)，岑毓英就任貴州巡撫。在任上，岑毓英大刀闊斧進行改革，整頓吏治，在岑毓英任職貴州巡撫和云貴總督期間掀起了懲治腐敗浪潮。
孫宗錫案。光緒九年，在孫宗錫就任貴州學政時其違法有四。第一，光緒九年三月，孫宗錫在安順府主持院試時，安順府普定縣知縣彭億清的兒子彭環率家丁協助孫宗錫的生活供應。在此期間知縣之子彭環與孫宗錫的家丁鬧矛盾，孫宗錫家丁仗勢將彭環非法扣押。第二，在考試前，童生填寫親供時孫宗錫非法收費，每人收費白銀20兩。20兩白銀不是小數目，大致值現在的人民幣1萬多元。其三，安順府學生員龍登瞿因龍肇元冒其學名(類似于現在考試冒名頂替)赴普定縣控告，孫宗錫以該生曰訴逞刁傳(非法上訪)訊杖責。第四，孫宗錫以安順考棚壞朽為名，強令被錄取的生員捐資維修，將捐款中飽私囊。種種劣跡被御史彈劾，經岑毓英調查屬實，將孫宗錫革職查辦。
林肇元案。林肇元當時為貴州巡撫，光緒九年十月被參劾貪墨營私。其罪狀有：擅耗庫儲，假冒捐輸，任用劣員，敗壞吏治，縱容盜賊，虐待殘黎。當時岑毓英已經就任云貴總督，經調查后認為以上行為屬實。遂將林肇元革職，此案還牽連到一些地方官員，他們全部受到處分。
同治年間的貴州四大案涉事官員還有貴州提督李盛貴、貴州巡撫李用清，都是朝廷二品以上大員，在短短幾年內被全部查處，還是在清末，即便是在康乾盛世時期也不多見。
居官清廉 整風肅紀
除了懲治大吏，岑毓英還大刀闊斧整頓吏治。他在奏折中提到：“伏查貴州額設府廳州縣七十三缺，左弍雜職九十三缺，現在黔省人員凡實缺后補府廳州縣合例人員連正途出身及勞績捐納兩途共有三百五十一員……以疾苦之省，聚千余之員，不但人浮于事，位置無從，抑且各員在省守候，坐困終年，稍有不自愛者，因處約既久，一旦得差得缺，難免晙剝于民，是欲整頓吏治，必先遣散冗員。”
在奏折中岑毓英指出了當時官員的冗雜，實際編制人員居然超出原定編制人員7倍之多，在戰亂期間為了籌措軍費大肆賣官鬻爵，或者一些人因鎮壓農民起義有功，也被大量授予官職，造成編制嚴重超標。實際沒有那么多崗位供職，很多人假借官府搜刮民財，有的得了肥差便在任期內趁機撈一筆。
光緒五年起，岑毓英規定：凡屬不合例之府州廳縣，佐弍雜職，一律不予委差;已差委的即行撤換，不準逗留省城;對實缺后補各員，凡系應回避的自行檢舉辦理;隱匿不報者分別參奏。
經過這次整頓，把冗員淘汰了近一半。淘汰冗員后他又開始著手整頓重復的機構。在戰時因為特殊原因設立了一些機構，戰后這些機構已經沒什么實際作用，但仍然掛名領俸祿，甚至安插親信吃空餉，給原本賦稅并不充裕的貴州帶來巨額財政開支，同時人浮于事，不利于辦事效率的提高。岑毓英將閑雜機構或裁撤或合并，其余人等一律遣散。
經過岑毓英的整頓，貴州的吏治腐敗局面得以改善，大批官員或革職永不敘用，或降級或強制退休。在朝廷起到震懾貪腐的作用，使得當時的官場風氣大為改善。岑毓英曾說過：“一身正氣豪情壯，兩袖清風意志昂。秉公勤政講奉獻，為國報效美名揚。”岑毓英廉潔清正、鐵面無私的故事在百姓中家喻戶曉，人人都稱贊他居官以清，愛憎分明。
《清史稿》這樣評價岑毓英：毓英與滇事相終始，跋扈霸才，竟成戡定偉績，信乎識時之杰，能自樹立者已。